[Υπό-σειρά 3.1.1] Πρακτικά Συνεδριάσεων της Θεολογικής Σχολής, 1857-1967 (20 τόμοι & 8 κουτιά (1971-1986), ελλιπή, χρονολογικά κενά (1967-1970 & 1979-1982)
[Υπό-σειρά 3.1.2] Πρακτικά Εκλογής Καθηγητών, 1965
[Υπό-σειρά 3.1.3] Υποβολή υποψηφιοτήτων για διδακτικές θέσεις, έτη 1957-1969
[Υπό-σειρά 3.1.4] Κατάστιχα (Μητρώα Φοιτητών, έτη 1922-1953, τμηματικών & πτυχιακών εξετάσεων, διδακτορικών εξετάσεων, ευρετήρια πτυχίων κ.ά.), 1892-1966, ελλιπή, 45 τόμοι
[Υπό-σειρά 3.1.5] Αρχείο Γραμματείας, έτη 1924-1994 [Τμήμα Θεολογίας, Τμήμα Ποιμαντικής, Τμήμα Κοινωνικής Θεολογίας]
[Υπό-σειρά 3.1.6] Σχέδια Πτυχίων, 1950-1964 & Πρωτότυπα Πτυχίων – Καθομολογήσεις
[Υπό-σειρά 3.1.7] Βιβλιάρια Σπουδών, 1922-1968
[Υπό-σειρά 3.1.8] Ατομικοί φάκελοι φοιτητών, 1924-2005 [Τμήμα Θεολογίας, Τμήμα Ποιμαντικής, Τμήμα Κοινωνικής Θεολογίας]
[Υπό-σειρά 3.1.9] Διδακτορικές διατριβές Θεολογικής Σχολής (1922-1977), 17 τόμοι
[Υπό-σειρά 3.1.10] Αρχείο Πανεπιστημιακού Ναού Καπνικαρέας
[Υπό-σειρά 3.2.1] Πρακτικά Συνεδριάσεων Νομικής Σχολής, έτη 1866-1980
[Υπό-σειρά 3.2.2] Ευρετήριο Πρακτικών Συνεδριών της Νομικής Σχολής, έτη 1911-1967
[Υπό-σειρά 3.2.3] Κατάστιχα (μητρώα εγγραφών, τμηματικών και πτυχιακών εξετάσεων, διδακτορικών, ευρετήρια πτυχίων κ.λ.π.), (1920-1969), 194 τόμοι
[Υπό-σειρά 3.2.4] Αρχείο Γραμματείας Νομικής Σχολής (1885-1982) (βιβλία πρωτοκόλλου, εισερχόμενα – εξερχόμενα έγγραφα, αιτήσεις καθηγητών, πίνακες καθηγητών, εξετάσεις κ.ά). Για τον κατάλογο Excel εδώ
[Υπό-σειρά 3.2.5] Ατομικοί φάκελοι φοιτητών (1922-1990)
[Υπό-σειρά 3.2.6] Δελτία Φοιτητών, 1937-1964
[Υπό-σειρά 3.2.7] Διδακτορικές διατριβές Νομικής Σχολής (1936-2001), 164 τόμοι
[Υπό-σειρά 3.3.1] Πρακτικά Συνεδριών Ιατρικής Σχολής, τόμοι 1- 44, έτη 1851-1962 & 1965-1982, 84 τόμοι
[Υπό-σειρά 3.3.2] Κατάστιχα (μητρώα εγγραφών, τμηματικών και πτυχιακών εξετάσεων, διδακτορικών, κ.ά) (1858-1938), 60 τόμοι
[Υπό-σειρά 3.3.3] Αρχείο εισερχομένων και εξερχομένων εγγράφων της Σχολής (πρωτόκολλο, διπλώματα, κ.ά.) (1885-1972), 6 τόμοι, 20 φάκελοι
[Υπό-σειρά 3.3.4] Διδακτορικές διατριβές Ιατρικής Σχολής (1937-1984), 240 τόμοι
[Υπό-σειρά 3.3.5] Αρχείο Αρεταίειου Νοσοκομείου
[Φάκελος 3.3.5.1] Πρωτόκολλο της Εφορίας του Αρεταίειου Νοσοκομείου (1898-1906), 1 τόμος
[Υπό-σειρά 3.3.6] Αρχείο Αιγινήτειου Νοσοκομείου
[Φάκελος 3.3.6.1] Πρωτόκολλο της Εφορίας της Νευρολογικής κλινικής του Αιγινήτειου Νοσοκομείου (1904-1906), 1 τόμος
[Φάκελος 3.3.6.2] Βιβλία ασθενών, παραγγελιών κ.ά (φυλάσσονται στο υπόγειο του Αιγινήτειο, έχουν καταγραφεί ψηφιακά από Ι.Α. ΕΚΠΑ)
[Υπό-σειρά 3.3.7] Αρχείο Νοσοκομείου Συγγρού (1931-1976), 8 τόμοι, 1 φυλλάδιο
[Υπό-σειρά 3.3.8] Αρχείο Εργαστηρίου Ιατροδικαστικής και Τοξικολογίας, (1913-1973), 93 τόμοι (σε ψηφιακή μορφή)
[Υπό-σειρά 3.3.9] Πρακτικά Ωτορυνολαρυγγολογικής Εταιρείας (1949-1968)
[Υπό-σειρά 3.3.10] Περιοδικά (Ελληνική Ιατρική), (1958-1971), 10 τεύχη
[Υπό-σειρά 3.3.11] Συλλογές τόμων (Κ. Λογοθετόπουλου, Κ. Μέρμηγκα, Α. Αραβαντινού, Σπ. Δοντά, Γ. Φωκά-Κοσμετάτου, κ.ά.), 55 τόμοι
[Υπό-σειρά 3.4.1] Πρακτικά Συνεδριών Φιλοσοφικής Σχολής, έτη 1867-1964, 36 τόμοι
[Υπό-σειρά 3.4.2] Αρχείο εισερχομένων και εξερχομένων εγγράφων της Σχολής (1894-1950), (υπό ταξινόμηση), Εισιτήριοι διαγωνισμοί, έτη 1955-1964, Εισηγητικές εκθέσεις, έτη 1955-1967, Απολυτήρια, έτη 1934-1964
[Υπό-σειρά 3.4.3] Κατάστιχα (μητρώα εγγραφών, τμηματικών και πτυχιακών εξετάσεων, διδακτορικών, ευρετήρια πτυχίων, κ.ά.), (1852-1962), 87 τόμοι
[Υπό-σειρά 3.4.4] Ατομικοί φάκελοι φοιτητών (1922-1959), 304 φάκελοι και 6 φάκελοι του Τμήματος Αγγλικών Σπουδών (1951-1954)
[Υπό-σειρά 3.4.5] Διδακτορικές διατριβές Φιλοσοφικής Σχολής (1901-2014), 124 τόμοι
[Υπό-σειρά 3.5.1] Πρακτικά Συνεδριάσεων Φυσικομαθηματικής Σχολής, έτη 1896-1980, 55 τόμοι
[Υπό-σειρά 3.5.2] Αρχείο εισερχομένων και εξερχομένων εγγράφων της Σχολής (πρωτόκολλο, διπλώματα, βιβλιάρια σπουδών, σχέδια πτυχίων, δελτία φοιτητών (καρτέλες), κ.ά.) (1901-1983)
[Υπό-σειρά 3.5.3] Κατάστιχα (μητρώα εγγραφών, τμηματικών και πτυχιακών εξετάσεων, διδακτορικών, ευρετήρια πτυχίων, φοιτητών, κ.ά.), (1890-1979), 96 τόμοι
[Υπό-σειρά 3.5.4] Ατομικοί φάκελοι φοιτητών όλων των τμημάτων της ΦΜΣ, (1918-1979)
[Φάκελος 3.5.4.1] Ατομικοί φάκελοι φοιτητών Μαθηματικού Τμήματος
[Φάκελος 3.5.4.2] Ατομικοί φάκελοι φοιτητών Φυσικού Τμήματος
[Φάκελος 3.5.4.3] Ατομικοί φάκελοι φοιτητών Χημικού Τμήματος
[Φάκελος 3.5.4.4] Ατομικοί φάκελοι φοιτητών Φαρμακευτικού Τμήματος
[Υπό-σειρά 3.5.5] Διδακτορικές διατριβές ΦΜΣ (1909-2003), 561 τόμοι
[Υπό-σειρά 3.6.1] Πρακτικά Συνεδριάσεων Φαρμακευτικής Σχολής, 1851-1892, 4τ. & Πρακτικά Συνεδριάσεων Φαρμακευτικού Σχολείου (1890-1891), 1τ.