Οι αρχειακές συλλογές είναι οργανωμένες βάσει του γενικού «οργανογράμματος» του Πανεπιστημίου και περιλαμβάνουν πέντε (5) μεγάλα Αρχειακά Σύνολα:
- Συλλογικά Όργανα Διοίκησης: [1.1.: Αρχείο Πρυτανείας, 1.2.: Αρχείο Συγκλήτου, 1.3.: Αρχείο Οικονομικού και Τεχνικού Συμβουλίου, 1.4.: Αρχείο Πειθαρχικού Συμβουλίου, 1.5.: Αρχείο Συμβουλίου Νομιμοφροσύνης]
- Γενικές Διευθύνσεις και Γραμματείες Ιδρύματος: [2.1.: Αρχείο Πρωτοκόλλου, 2.2.: Αρχείο Διεύθυνσης των Σχολών, 2.3.: Αρχείο Διεύθυνσης Διοικητικού, 2.4.: Αρχείο Δημοσιευμάτων & Διεύθυνσης Δημοσιευμάτων, 2.5.: Αρχείο Διεύθυνσης Δημοσίων Σχέσεων και Εθιμοτυπίας, 2.6.: Αρχείο Δικαστικού Τμήματος ΕΚΠΑ]
- Σχολές και Σχολεία: [3.1.: Αρχείο Θεολογικής Σχολής, 3.2.: Αρχείο Νομικής Σχολής, 3.3.: Αρχείο Ιατρικής Σχολής, 3.4.: Αρχείο Φιλοσοφικής Σχολής, 3.5.: Αρχείο Φυσικομαθηματικής Σχολής, 3.6.: Αρχείο Φαρμακευτικού Σχολείου, 3.7.: Αρχείο Οδοντιατρικού Σχολείου/ Οδοντιατρικό Τμήμα, 3.8.: Αρχείο Μαρασλείου Διδασκαλείου]
- Λοιπές Αρχειακές Συλλογές: [4.1.: Προσωπικά Αρχεία Καθηγητών, 4.2.: Λοιπές Αρχειακές Συλλογές]
- Φωτογραφικές και Οπτικοακουστικές Συλλογές: [5.1.: Αρχείο φωτογραφιών, 5.2.: Αρχείο Οπτικοακουστικών Συλλογών]