Το Ιστορικό Αρχείο διαθέτει μια μη δανειστική, ειδική βιβλιοθήκη, προσανατολισμένη ώστε να εξυπηρετεί τους κεντρικούς στόχους του Ι.Α.ΕΚΠΑ. Αποτελείται από βιβλία και δακτυλόγραφα που εντάσσονται στις εξής κατηγορίες:
α) στα δημοσιεύματα του Πανεπιστημίου Αθηνών από την ίδρυσή του έως σήμερα (ενδεικτικώς: επετηρίδες, πρυτανικοί λόγοι, πανηγυρικοί λόγοι, κρίσεις επιστημονικών και λογοτεχνικών διαγωνισμών, επιστημονικές επετηρίδες, οδηγοί σπουδών)
β) στις επιστημονικές εργασίες που υποβλήθηκαν στο Πανεπιστήμιο Αθηνών (ενδεικτικώς: διδακτορικές διατριβές, διατριβές επί υφηγεσία)
γ) στα δημοσιεύματα άλλων ελληνικών πανεπιστημίων αλλά και πανεπιστημίων του εξωτερικού
δ) στη βιβλιογραφία για την ιστορία των πανεπιστημίων, την ιστορία και την κοινωνιολογία της εκπαίδευσης, την ιστορία και τη φιλοσοφία των επιστημών
ε) στα σημαντικά βοηθήματα για τη μελέτη της νεότερης ελληνικής και διεθνούς ιστορίας.
Ειδικές συλλογές
Επιστημονική Επετηρίδα Θεολογικής Σχολής Πανεπιστημίου Αθηνών, έτη 1956-2001
Επιστημονική Επετηρίδα Φιλοσοφικής Σχολής Πανεπιστημίου Αθηνών, έτη 1954-1995
Εκθέσεις Ράλλειου Ποιητικού Διαγωνισμού, έτη 1856 & 1857
Εκθέσεις Βουτσιναίου Ποιητικού Διαγωνισμού, έτη 1862-1876
Ροδοκανάκειος Φιλολογικός Αγών, έτη 1861, 1863, 1865, 1867
Κρίσις του Λασάνειου Δραματικού Αγώνος, έτη 1889, 1891, 1896, 1898, 1904
Οικονόμειος Μεταφραστικός Αγών, έτη 1876, 1879
Οικονόμειος περί συγγραφής στοιχειώδους εγχειριδίου της Φυσικής Αγών, έτη 1883
Σεβαστοπούλειο Διαγώνισμα, έτη 1902 & 1919
Γρηγορίου Κωνσταντίνου Φιλοσοφικόν Διαγώνισμα, έτη 1902 & 1908
Σγούτειον Νομικόν Διαγώνισμα, έτη 1884 &1886
Πρακτικά της Ακαδημίας Αθηνών, έτη 1926-1995
Εφημερίς της Κυβερνήσεως, έτη 1836-1893
Αγορεύσεις του Ελληνικού Κοινοβουλίου, έτη 1909-1956 (12 τόμοι)