Το Ιστορικό Αρχείο διαθέτει μια μη δανειστική, ειδική βιβλιοθήκη, προσανατολισμένη ώστε να εξυπηρετεί τους κεντρικούς στόχους του Ι.Α.ΕΚΠΑ Αποτελείται από βιβλία και δακτυλόγραφα που εντάσσονται στις εξής κατηγορίες:

α) στα δημοσιεύματα του Πανεπιστημίου Αθηνών από την ίδρυσή του έως σήμερα (ενδεικτικώς: επετηρίδες, πρυτανικοί λόγοι, πανηγυρικοί λόγοι, κρίσεις επιστημονικών και λογοτεχνικών διαγωνισμών, επιστημονικές επετηρίδες, οδηγοί σπουδών)

β) στις επιστημονικές εργασίες που υποβλήθηκαν στο Πανεπιστήμιο Αθηνών (ενδεικτικώς: διδακτορικές διατριβές, διατριβές επί υφηγεσία)

γ) στα δημοσιεύματα άλλων ελληνικών πανεπιστημίων αλλά και πανεπιστημίων του εξωτερικού

δ) στη βιβλιογραφία για την ιστορία των πανεπιστημίων, την ιστορία και την κοινωνιολογία της εκπαίδευσης, την ιστορία και τη φιλοσοφία των επιστημών

ε) στα σημαντικά βοηθήματα για τη μελέτη της νεότερης ελληνικής και διεθνούς ιστορίας.

• Επετηρίδες Πανεπιστημίου Αθηνών, έτη 1864-2002

• Επετηρίδες σχολών

Επιστημονική Επετηρίδα Θεολογικής Σχολής Πανεπιστημίου Αθηνών, έτη 1956-1994

Επιστημονική Επετηρίδα Φιλοσοφικής Σχολής Πανεπιστημίου Αθηνών, έτη 1954-1995

• Επίσημοι Λόγοι, έτη 1956-1997

• Πρυτανικοί Λόγοι, έτη 1837-1966

• Λόγοι που εκφωνήθηκαν την 20η Μαΐου, επέτειο της καθιδρύσεως του Πανεπιστημίου Αθηνών, έτη 1846-1860

• Λόγοι που εκφωνήθηκαν την 30η Ιανουαρίου, γιορτή των Τριών Ιεραρχών, έτη 1848-1979

• Εκθέσεις διαγωνισμών

Εκθέσεις Ράλλειου Ποιητικού Διαγωνισμού, έτη 1856 & 1857

Εκθέσεις Βουτσιναίου Ποιητικού Διαγωνισμού, έτη 1862-1876

Ροδοκανάκειος Φιλολογικός Αγών, έτη 1861, 1863, 1865, 1867

Κρίσις του Λασάνειου Δραματικού Αγώνος, έτη 1889, 1891, 1896, 1898, 1904

Οικονόμειος Μεταφραστικός Αγών, έτη 1876, 1879

Οικονόμειος περί συγγραφής στοιχειώδους εγχειριδίου της Φυσικής Αγών, έτη 1883

Σεβαστοπούλειο Διαγώνισμα, έτη 1902 & 1919

Γρηγορίου Κωνσταντίνου Φιλοσοφικόν Διαγώνισμα, έτη 1902 & 1908

Σγούτειον Νομικόν Διαγώνισμα, έτη 1884 &1886

• Λοιπά Δημοσιεύματα

Πρακτικά της Ακαδημίας Αθηνών, έτη 1926-1995

Εφημερίς της Κυβερνήσεως, έτη 1836-1893

Αγορεύσεις του Ελληνικού Κοινοβουλίου, έτη 1909-1956 (12 τόμοι)